Nach einem gescheiterten Sprengstoffanschlag auf ein im Bau befindliches Abschiebegefängnis in Berlin-Grünau im April 1995 taucht Thomas Walter ab und bleibt trotz intensiver Fahndung 23 Jahre lang verschwunden. Im Frühjahr 2017 taucht er wider Erwarten in Venezuela wieder auf und beantragt dort Asyl.
Der Film erzählt die Geschichte von Thomas im Untergrund, die durch die Begegnung des Regisseurs mit dem Gesuchten in Venezuela rekonstruierbar gemacht wird. Dabei öffnet Gegen den Strom eine Art Black Box und gewährt einen Einblick in das Leben seines Protagonisten. Ein Leben, das aus Flucht besteht, immer verfolgt von Zielfahndern des BKA, der Bundesanwaltschaft und des Berliner Staatsschutzes.
